农村合作医疗和公司医保的主要区别如下：
- 适用范围 ：
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公司医保 ：适用于参加工作的劳动者，由用人单位和职工共同缴纳医疗保险费。
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农村合作医疗 ：适用于农村人员，未参加工作的农村户口人员可以参加，政府组织、农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资。
- 缴费主体 ：
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公司医保 ：由用人单位和职工共同缴纳医疗保险费。
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农村合作医疗 ：由参保人本人、集体和政府多方筹资，农民自己缴纳一部分，政府给予一定补贴。
- 报销比例 ：
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公司医保 ：在定点医院就医的报销率较高，一般可达80%甚至90%以上，特别是在小病住院时。
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农村合作医疗 ：报销比例相对较低，一般在50%到70%之间，但在乡镇卫生院报销比例较高，可达70%到80%，市级以上医院报销比例则降低。
- 缴费金额 ：
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公司医保 ：单位和个人共同缴纳，金额较多，每月可能需要交几百元。
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农村合作医疗 ：农民自己缴纳几百元一年，政府还会给予一定补贴。
- 保障期限 ：
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公司医保 ：参保人员完成缴费年限后可以终身享受医疗保险待遇。
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农村合作医疗 ：交一年保一年，需要每年办理参保和缴费手续。
- 报销范围 ：
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公司医保 ：覆盖范围较广，包括特殊治疗方法、进口药和高档医疗服务。
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农村合作医疗 ：报销范围相对有限，一些特殊药物和治疗可能不在报销范围内。
- 就医便捷性 ：
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公司医保 ：在定点医院就医较为便捷，报销比例高。
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农村合作医疗 ：在乡镇卫生院就医报销比例较高，但在市级以上医院报销比例降低，就医便捷性相对较差。
综上所述，公司医保和农村合作医疗在适用范围、缴费主体、报销比例、缴费金额、保障期限、报销范围和就医便捷性等方面存在明显差异。建议根据个人实际情况选择合适的医疗保险。
