农村新农合和五险一金的主要区别体现在以下几个方面：
- 覆盖范围 ：
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五险一金 ：适用于所有公司企业的员工，包括灵活就业者，是法定的社会保障制度。
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新农合 ：专门针对拥有农村户口的居民，是解决农民“看病难”问题的国家政策。
- 缴费方式 ：
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五险一金 ：由用人单位和个人共同缴纳，养老保险和医疗保险的缴费年限较长，分别为男性25年和女性20年，且退休后无需继续缴费即可享受待遇。
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新农合 ：个人和政府共同承担，缴费年限为15年，每年需要重新办理手续，且不能重复参保。
- 保障项目和待遇 ：
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五险一金 ：包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，以及住房公积金。医疗保险的报销比例通常较高，设有个人医保账户。
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新农合 ：主要提供基础的医疗保障，报销比例相对较低，无个人医保账户，且一年只能报销一次。
- 实施和管理 ：
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五险一金 ：由国家立法强制实施，用人单位和个人必须依法缴纳。
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新农合 ：由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资。
综上所述，五险一金和新农合在覆盖范围、缴费方式、保障项目和待遇以及实施管理等方面存在显著差异。对于在城市工作的打工人员来说，五险一金已经提供了较为全面的社会保障，无需再额外缴纳新农合。而对于农村居民，新农合则是他们获取基本医疗保障的重要途径。建议根据自身情况选择合适的社会保险制度，以获得更好的保障。