很多药店不愿意刷医保卡的原因主要有以下几点：
利润空间压缩：医保支付的药品价格通常低于市场零售价，导致药店的利润空间被压缩。例如，某药品的零售价为10元，而医保支付的价格可能只有8元，药店每卖出一盒药就会少赚2元。
运营成本增加：医保刷卡系统需要药店进行设备升级和维护，增加了运营成本。医保刷卡的审核和结算流程较为复杂，需要药店投入更多的人力和时间来处理相关事务。
医保政策限制：医保政策对药店的药品种类、销售范围等有严格规定。例如，一些非处方药、保健品等不能使用医保卡购买，限制了药店的经营范围。
医保结算滞后：医保基金的结算周期较长，导致药店的资金回笼速度变慢，影响了药店的资金周转。
部分药店可能因为担心医保部门的严格监管和处罚，或者自身存在一些不规范的经营行为，也会选择不愿意刷医保卡。