药店有些药不能用医保卡的原因主要有以下几点：
医保目录限制
目录范围：医保卡只能用于购买医保目录内的药品。医保目录是根据药品的疗效、安全性、经济性等因素综合考量后确定的，旨在保障参保人员的基本医疗需求，同时控制医保基金的支出。例如，一些新型的、价格昂贵的药品可能尚未被纳入医保目录，因此不能使用医保卡购买。
适应症限制：即使药品在医保目录内，也可能存在适应症的限制。也就是说，只有在特定的疾病情况下使用该药品，才能享受医保报销。如果超出了规定的适应症范围，医保卡也无法支付。
药店管理与协议问题
定点药店资格：只有与医保部门签订了合作协议的定点药店，才能使用医保卡进行结算。非定点药店由于未获得相关资质，无法使用医保卡。
协议要求：定点药店需要严格遵守医保部门的相关规定和协议要求。如果药店存在违规行为，如串换药品、诱导参保人员购买非医保药品等，医保部门可能会暂停或取消其医保结算资格，导致部分药品无法使用医保卡购买。
医保卡使用规定
个人账户余额：医保卡的个人账户余额有限，如果余额不足，无法支付药品费用。此外，个人账户通常只能用于支付医保目录内的药品费用，对于非医保药品，即使余额充足，也无法使用。
统筹账户使用：医保卡的统筹账户主要用于支付大额医疗费用或住院费用，对于一些门诊药品，可能需要先达到一定的起付线才能使用统筹账户支付。
其他因素
药品属性：一些药品可能被归类为保健品、滋补品或非药品类商品，这些商品不在医保支付范围内，因此不能使用医保卡购买。
异地使用限制：在一些地区，医保卡在异地药店无法直接使用，需要先自行垫付费用，再回参保地报销。
综上所述，药店有些药不能用医保卡的原因主要是医保目录的限制、药店的管理与协议问题、医保卡的使用规定以及其他一些因素。参保人员在使用医保卡购药时，应了解当地的医保政策和药店的具体规定，以确保顺利使用医保卡。