根据权威医学信息，云南昆明治疗复发性多发性软骨炎伴发的葡萄膜炎的推荐医院如下：
一、综合推荐医院
昆明市第一人民医院
三级甲等综合医院，眼科及风湿免疫科实力较强，诊疗设施完善，经验丰富。
昆明市中医院
中医特色突出，设有35个临床科室和16个医技科室，口碑良好，适合中西医结合治疗。
二、专科推荐医院
中山大学附属第三医院（非本地医院，但权威性高）
眼科专家在复发性多发性软骨炎伴发葡萄膜炎治疗方面有丰富经验，建议通过正规渠道预约挂号。
三、注意事项
该疾病属于自身免疫性疾病，需及时就医，避免自行用药。
部分医院需提前预约专家号，可通过官方渠道或第三方平台挂号。