棘阿米巴性角膜炎是一种由棘阿米巴原虫引起的眼部感染疾病，治疗时需要专业的医疗设备和经验丰富的医生。在云南昆明，有几家医院在治疗角膜炎方面具有较高的声誉和专业水平。以下是几家推荐的医院：
昆明医科大学第二附属医院：这是一家综合医院，拥有丰富的医疗资源和专业的医疗团队，被评为三甲医院，具备较高的医疗水平。
中国人民解放军联勤保障部队第九二〇医院：这也是一家综合医院，具有70年的历史和丰富的临床经验，同样被评为三甲医院。
云南大学附属医院：始建于1928年，是一家综合医院，拥有较强的医疗团队和诊疗设备。
云南省第一人民医院：又称昆华医院，是云南省疑难危重疾病的救治中心，具有较强的医疗实力和丰富的临床经验。
昆明市第一人民医院：这也是一家综合医院，具备较为全面的医疗资源和专业的医疗团队。
以上医院在治疗棘阿米巴性角膜炎方面都有较高的专业水平和丰富的临床经验，您可以根据自己的实际情况和需求选择合适的医院进行治疗。建议在选择医院前，可以通过医院的官方网站或电话进行进一步的了解和咨询。