云南昆明治疗角膜基质炎的推荐医院如下：
一、综合实力强的大型医院
昆明医科大学第一附属医院
三级甲等综合医院，国家级重点专科5个，省级临床重点专科24个，医疗设备齐全，诊疗经验丰富。
云南省第一人民医院（昆华医院）
三级甲等综合医院，疑难危重疾病救治中心，集医疗、科研、教学于一体，眼科领域技术成熟。 二、专业眼科医院
昆明爱尔眼科医院
三级甲等专科眼科，以患者为中心，提供全程跟诊制服务，设备先进，环境舒适，服务周到。
昆明眼科医院
三级甲等专科眼科，率先实现患者就诊全程跟诊制，护士服务细致，住院环境温馨，技术精湛。
三、其他推荐医院
云南省传染病专科医院 ：眼科业务专业，医疗设施完善，适合角膜基质炎等感染性眼病治疗。 选择建议 ：
若需综合医疗资源，优先考虑 昆明医科大学第一附属医院 或 云南省第一人民医院 ；
若侧重专业眼科服务， 昆明爱尔眼科医院 和 昆明眼科医院 是优选；
若涉及感染性因素，可咨询 云南省传染病专科医院 。