广安门南区医院和广安门医院（本院）的区别主要体现在以下几个方面：
- 成立时间和历史背景 ：
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广安门南区医院 ：前身是1983年成立的大兴县中医门诊部，1993年更名为大兴县中医医院，2002年通过ISO9001认证，2004年评审为二级甲等中医医院。2011年，大兴区委区政府与中国中医科学院广安门医院签署合作协议，成立广安门医院南区，2012年升级为三级甲等中医医院。
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广安门医院（本院） ：中国中医科学院广安门医院，始建于1955年，是中央保健局指定的全国中医疑难病治疗中心之一，具有悠久的历史和丰富的临床经验。
- 地理位置 ：
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广安门南区医院 ：位于北京市大兴区兴丰南大街。
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广安门医院（本院） ：位于北京市西城区北线阁5号。
- 医院等级和综合实力 ：
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广安门南区医院 ：2012年通过医院等级评审，具备一定的中医优势特色和医、教、研、防综合服务能力，是三级甲等中医医院。
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广安门医院（本院） ：作为三级甲等中医医院，具有更高的综合实力和知名度，是全国中医疑难病治疗中心之一。
- 服务范围 ：
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广安门南区医院 ：集临床医疗、科研、教学、社区健康服务为一体的综合性三级甲等中医医院，主要服务于北京市大兴区及周边地区。
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广安门医院（本院） ：作为全国中医疑难病治疗中心之一，具有广泛的医疗服务范围，不仅服务于北京市，还辐射到全国各地。
- 合作与隶属关系 ：
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广安门南区医院 ：2011年由中国中医科学院广安门医院与大兴区委区政府签署合作协议成立，隶属于中国中医科学院广安门医院。
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广安门医院（本院） ：作为中国中医科学院广安门医院的一部分，具有直接的隶属关系。
总结：
广安门南区医院和广安门医院（本院）在成立时间、历史背景、地理位置、医院等级、综合实力、服务范围以及合作与隶属关系等方面存在明显差异。广安门南区医院主要服务于北京市大兴区及周边地区，是三级甲等中医医院；而广安门医院（本院）则具有更悠久的历史和丰富的临床经验，是全国中医疑难病治疗中心之一，隶属于中国中医科学院广安门医院。