截至2022年3月，北京中医药大学有 8家 直属附属医院。这些附属医院分别是：

1. 北京中医药大学东直门医院（第一临床医学院）

2. 北京中医药大学东方医院（第二临床医学院）

3. 北京中医药大学第三附属医院（第三临床医学院）

4. 北京中医药大学枣庄医院（第四临床医学院）

5. 北京中医药大学深圳医院（第五临床医学院）

6. 北京中医药大学房山医院（第六临床医学院）

7. 北京中医药大学孙思邈医院（第七临床医学院）

8. 北京中医药大学厦门医院（第八临床医学院）

北京中医药大学还有17个临床教学基地，如中日友好医院、广安门医院、西苑医院、望京医院、北京中医医院等，这些基地承担着全校学生的临床教学、见习、实习工作。