牡丹江医学院附属红旗医院和牡丹江林业中心医院都是当地比较知名的眼科医院，两家医院在眼科领域都有一定的优势，具体哪家更好需要根据您的具体需求来判断：
医院等级与综合评价
牡丹江医学院附属红旗医院：是三级甲等综合医院，始建于1946年，是首批全国百姓放心示范医院，省级文明单位标兵，集医疗、教学、科研、康复、保健于一体。
牡丹江林业中心医院：同样是三级甲等综合医院，始建于1950年，集医疗、教学、科研为一体。
医疗设备
牡丹江医学院附属红旗医院：引进了国内各类眼科检查尖端设备，如眼底照相机、角膜地形图仪等，为日常眼科疾病诊断、鉴别诊断工作提供保障。
牡丹江林业中心医院：拥有先进的高端精密检查设备，如裂隙灯显微镜、眼底镜等，能够准确诊断与治疗各种眼科疾病。
专家团队
牡丹江医学院附属红旗医院：眼科团队实力雄厚，有21位医生，包括6位主任医师。其中，李静秋主任医师擅长疑难危重症眼病，重症眼外伤、眼球破裂伤修复；朴天华主任医师擅长青光眼、白内障等手术治疗。
牡丹江林业中心医院：眼科团队经验丰富，有50位医生，包括多位主任医师和副主任医师。其中，朱淑琴主任医师擅长青光眼、白内障、各种眼底病等的诊治。
诊疗项目
牡丹江医学院附属红旗医院：开展小儿眼科和成人眼科的多种诊疗项目，如屈光不正、近视、远视、散光、斜视、弱视等的诊断和治疗，以及复杂性眼内和眼外疾病、微创手术等。
牡丹江林业中心医院：能开展各种类型青光眼、白内障、眼外伤、眼眶病、眼表疾病及眼底病的激光、手术治疗，在青少年近视、远视、散光、斜视、弱视等各种小儿眼病的诊治，医学验光配镜，角膜塑形镜的验配等方面都有丰富的临床经验。
口碑与患者评价
牡丹江医学院附属红旗医院：患者普遍认为医院的医疗技术和服务质量都很高，医生专业水平强，对患者耐心细致。
牡丹江林业中心医院：患者评价医院的医生经验丰富，对常见眼病的治疗效果好，服务态度亲切。
建议
如果您需要进行复杂的眼科手术或治疗疑难眼病，可以优先考虑牡丹江医学院附属红旗医院。
如果您主要治疗常见眼病或进行常规眼部检查，牡丹江林业中心医院也是一个不错的选择。