黄元御不被认可的主要原因在于‌其理论体系与主流医学存在较大差异‌，且‌缺乏足够的临床验证‌。他的学说虽然自成一体，但在实际应用中效果有限，导致医学界对其持保留态度。

1. ‌理论体系独特但偏离主流‌
   黄元御提出的“一气周流”理论强调人体气机的循环运行，与传统中医的阴阳五行学说存在明显差异。这种理论虽然逻辑自洽，但未能与主流医学形成有效对接，导致其观点难以被广泛接受。

2. ‌临床验证不足‌
   尽管黄元御的著作丰富，但其理论在实际治疗中的效果缺乏大规模、系统性的验证。医学界更倾向于依赖经过长期实践检验的理论，而黄元御的学说在这方面尚未得到充分证明。

3. ‌学术传承有限‌
   黄元御的学说未能形成稳定的传承体系，后世医家对其理论的继承和发展较少。相比之下，张仲景、李东垣等医家的理论因有清晰的传承脉络而更受推崇。

4. ‌时代背景限制‌
   黄元御生活的清代中后期，医学界已形成相对固定的理论框架，新学说的推广面临较大阻力。加之他的理论较为抽象，普通医者难以掌握，进一步限制了其影响力。

5. ‌现代医学的冲击‌
   随着现代医学的发展，中医理论也在不断调整和优化。黄元御的学说未能适应这一趋势，导致其在当代医学体系中的地位进一步边缘化。

黄元御的理论虽有一定价值，但受限于理论差异、临床验证不足及传承问题，未能获得广泛认可。对于中医爱好者而言，了解其学说可以拓宽视野，但在实际应用中仍需谨慎对待。