南京作为历史文化名城，拥有丰富的博物馆资源，涵盖历史、艺术、科学等多个领域。以下是南京主要博物馆的整理，综合多个权威来源：

一、国家级博物馆

1. 南京市博物总馆

   • 南京市唯一实行总、分馆制的国家一级博物馆，收藏文物超10万件，涵盖历史、考古、民俗等门类，设有“七馆一所”（朝天宫、太平天国历史博物馆等）。

   • 亮点：江南贡院（江南贡院）、明故宫等历史遗址的复原展示。

2. 南京大报恩寺遗址博物馆

   • 以佛教文化为主题，展示了大报恩寺遗址及历史文物，是南京佛教文化的重要代表。

3. 南京城墙博物馆

   • 位于中华门瓮城旁，以城墙建筑为特色，展示南京六朝至明清时期的城市发展脉络，门票免费。

4. 南京中国科举博物馆

   • 中国唯一地下式博物馆，前身为江南贡院，展示科举制度发展历程及文物，含11个展厅。

二、其他重要博物馆

1. 南京博物院（朝天宫）

   • 南京市博物总馆分支机构，江南地区规模最大的明清官式建筑群，镇馆之宝包括金兽、芙蓉石蟠螭耳盖炉等。

2. 南京总统府

   • 中华民国时期总统办公地，分中区、西区展示不同历史阶段，兼具历史建筑与展览功能。

3. 南京六朝博物馆

   • 以六朝文化为核心，展示文物、遗迹及文人墨客事迹，含贝聿铭设计的中式园林建筑。

4. 侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆

   • 重要历史遗址，因设备检修暂闭馆（2024年11月11日-12月13日闭馆），展示大屠杀历史。

5. 雨花台烈士纪念馆

   • 纪念革命烈士，陈列大量历史文献及实物，是爱国主义教育基地。

三、特色博物馆推荐

• 南京地质博物馆 ：展示地球科学标本与矿物，适合自然爱好者。

• 南京古生物博物馆 ：世界最大古生物专业博物馆，收藏澄江动物群等化石。

• 江苏省美术馆 ：近代美术作品收藏地，涵盖书画、油画等。

四、免费开放场馆

• 南京科技馆 ：科普与互动体验结合，含“太空探索”等主题展项。

• 南京图书馆 ：历史文化文献宝库，可免费借阅资源。

以上博物馆覆盖南京历史文化的多个维度，可根据兴趣选择参观。部分场馆需提前预约（如南京博物院），部分因活动或检修临时闭馆。