虽然随着手术技巧和医学设备的进步，甲状腺结节的手术治疗已经在许多医院开展，但是甲状腺结节的手术治疗依然是一种有创伤的治疗方式，依然伴随着一定风险性和并发症的发生。
甲状腺结节手术后常见的并发症包括下面6种：
术后出血
甲状腺结节手术后出血是比较常见的并发症，常因甲状腺上动脉或较粗静脉的结扎线结脱落，以及腺体切面的严重渗血，均是造成术后出血的常见原因。一般发生于术后12~48小时内。
喉上神经损伤
喉上神经外支损伤可引起环甲肌麻痹，以致音调降低。喉上神经内支损伤可造成喉黏膜的感觉丧失，进食特别是饮水时，容易误咽发生呛咳。
喉返神经损伤
一侧喉返神经损伤，大都引起声嘶。双侧喉返神经损伤，可造成严重的呼吸困难，甚至窒息。
手足抽搐
手术时甲状旁腺误被一并切除，受挫伤，或其血液供应受累，都可以引起甲状旁腺功能的不足，发生手足抽搐。临床上多数患者只有面部、唇部或手足部的针刺样麻木感或强直感。
甲状腺功能减退
多因甲状腺组织切除过多所引起，也可能由于残留腺体的血液供应不足所致。
术后复发
甲状腺结节的性质不同复发率不同，单纯性甲状腺肿的复发常出现在术后6~10年。恶性甲状腺结节根据甲状腺癌病理不同其复发率也有不同，临床上常见的甲状腺癌类型为分化型甲状腺癌，包括乳头状癌和滤泡状癌症。有30%左右的复发或转移。其中多数发生于术后10年内。
甲状腺结节的手术根据结节的性质、大小、位置不同其术后并发症发生的几率也有所不同。有许多甲状腺结节，都是不需要手术切除的，对于不需要进行手术切除的较小的、无功能的良性甲状腺结节，可以采取每隔6-12个月复查的方式进行观察。