室间隔缺损是有可能会遗传的。多数室间隔缺损是多基因的遗传缺陷，部分是单基因遗传缺陷或者染色体突变导致。
另外，还有部分是因为环境因素引起的，比如妊娠早期母体内子宫病毒感染，母体患有糖尿病、甲状腺功能亢进，或者甲状腺功能减退等代谢性疾病，或者母体接触放射性化学性物质、或者药物，母体接触毒物或者缺乏叶酸、处于高原环境导致宫内缺氧的都可以引起胎儿出现先天性房间隔缺损。
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