胃肠息肉的发病机制尚未完全明确，目前认为胃肠息肉的原因，可能跟长期慢性炎症刺激、幽门螺旋杆菌的感染，以及饮食、基因的易感性有关系。
在饮食方面，高脂肪、高蛋白质、辛辣刺激的饮食，油炸、腌制的食物，这些都会刺激胃肠黏膜，导致胃肠息肉的形成。幽门螺旋杆菌感染，是胃息肉比较常见的原因。
还要考虑很多慢性胃肠道的炎症，也会导致胃肠息肉的形成，比如炎症性肠病、溃疡性结肠炎等，还要考虑与遗传和基因突变等有关系。
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