胃蛋白酶原可分为胃蛋白酶原1和胃蛋白酶原2。
胃蛋白酶原水平的不同反映了不同部位胃黏膜的形态和功能。胃蛋白酶原1检测的是胃泌酸腺细胞功能的指针，当胃酸分泌增多时，血清胃蛋白酶原1升高，分泌减少或胃黏膜腺体萎缩时胃蛋白酶原1降低。
胃蛋白酶原2与胃底黏膜的病变的相关性较大，其升高与胃底腺管的萎缩、胃上皮的化生和假幽门腺化生、异型增生有关系。
胃蛋白酶原1与胃蛋白酶原2的比值进行性降低，与胃黏膜的萎缩进展相关。因此，联合检测胃蛋白酶原1和胃蛋白酶原2的比值，可以起到胃底腺细胞血清学活检的作用。
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