慢性化脓性中耳炎的治疗主要分为两个时期，比如急性期的时候的治疗和急性化脓性中耳炎的治疗相似，要局部点抗生素滴耳液，然后进行感染的控制，还可以全身的使用抗生素，另外同时可以使用粘液促排剂促进中耳炎症的恢复。如果是慢性化脓性中耳炎经保守治疗效果不好，可以考虑手术治疗。
如果单纯型的慢性化脓性中耳炎，只是鼓膜穿孔，中耳炎症已经得到控制，可以做鼓膜修补。但是对于中耳病灶依然没有清除的慢性化脓性中耳炎，比如胆脂瘤型中耳炎，首先可以做病灶的清除，其次加上鼓室的重建，可以在耳内镜下或者在显微镜下进行乳突的手术或者中耳的手术。手术的目标主要是去除病灶，其次要恢复或者重建患者的听力，可以进行听骨的移植，另外可以进行鼓室的重建来促进听力的恢复。
