大约15%的腺肌症合并有内异症，约半数的合并有子宫肌瘤，极少数恶变。子宫肌瘤的玻璃样变、囊性变、红色样变及钙化，都是子宫肌瘤的良性变，如果发生肉瘤样变，即恶性变，囊性变很软，但是切开看见正常的组织像烂鱼肉样，就是恶性变。手术当中如果要考虑囊性变还是肉瘤样变，可做术中冰冻，快速病理检查，半个小时就能出来结果，根据快速病理的结果来决定的手术方式。
子宫肌瘤的恶性变占的比例不多，是4‰到8‰，不要过于担心，但是如果肌瘤很大，并且长得很快，要尽早做手术。子宫肌瘤的恶性变多见于绝经后子宫肌瘤，并且有疼痛、出血，绝经了肌瘤还在继续长，这类患者要小心恶性变。
子宫肌瘤变性是因为肌瘤失去原有典型的结构，大部分都是良性变，比如子宫肌瘤的玻璃样变、子宫肌瘤的囊性变。术后切下的玻璃样变，呈一纹一纹；囊性变摸见肌瘤就有点软。子宫肌瘤的红色样变发生在怀孕期，有的孕妇子宫肌瘤偏大，可能是年龄或者什么其他原因，在怀孕到月份大的时候，由于胎儿压迫的肌瘤，血运不足，引起缺血坏死，患者会肚子很疼。在怀孕期间做手术是要用麻药的，这样对胎儿有多大影响是若干年以后的问题。
子宫的腺肌病是子宫内膜的腺体，即间质侵入子宫的肌层，多发生在30~50岁的经产妇，少数腺肌病的病灶呈局限性生长，形成了结节性团块，像是肌壁间的肌瘤，其实是有区别的。子宫肌瘤的包膜是比较完整，腺肌病的子宫腺肌瘤和周围正常的组织即肌壁间，界限不太清楚。
