根除幽门螺杆菌的四联疗法，通俗的说有四种药，第一个是PPI药物，也就是质子泵抑制剂，常用的有奥美拉唑、艾司奥美拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑以及艾普拉唑，主要用来抑制酸分泌。第二个是铋制剂，常用的是果胶铋、枸橼酸铋钾等含有铋制剂的药物。另外还有两个是抗生素，常用的诊治幽门螺杆菌的药物是阿莫西林、甲硝唑、替硝唑、氧氟沙星、呋喃唑酮、四环素等。在选择药物时要选择标准剂量，同时要选择质量信的过的药物，饭前口服用药。
铋制剂应用的过程中，有些患者会出现大便黑，不要担心，这是药物的颜色改变。两种抗生素同时选择时，要根据患者是不是口服过同类型的药物，以及患者是不是有青霉素的过敏史或者磺胺类等药物的过敏史来选择，而不是一模一样的方案。在药物应用的过程中，有些患者处于高耐药地区，在选择时可能就要避开甲硝唑、替硝唑等高耐药，选择耐药率比较低的阿莫西林、呋喃唑酮或四环素等。有很多地方不能获得四环素药物，给临床的诊治带来一定的困难。
在药物应用的过程中，要和患者密切去沟通，注意发现药物的不良反应。如果出现药物的不良反应需要停用药物，或者出现药物的不良反应后通过调节药物的剂量来进行处理，从而使患者很好地完成治疗的疗程，根除幽门螺杆菌，预防以后疾病的发生。
