用小分子抗病毒药物治疗丙肝，丙肝病毒可以完全清除。所以丙肝的治疗最有效的方法，就是口服抗病毒药物。现在应用最广泛的抗病毒药物，是泛基因型的索磷布韦维帕他韦，针对所有基因型的丙肝病毒，都是有抗病毒效果的。还有专门针对中国人最常见的Ⅰb型抗丙肝病毒药物，只要口服八周就可以。而泛基因型的患者要口服十二周抗病毒药物。肝硬化患者要服二十四周。
丙肝病毒口服抗病毒药的效果能达到98%以上。所以一旦发现丙肝抗体阳性，丙肝病毒定量是阳性，建议尽早进行抗病毒治疗。因为丙型肝炎的病情进展要比乙肝快，造成的损伤也比较严重。