无菌性前列腺炎的病因尚不确定，有可能是由不良的生活习惯引起，也可能是病原体感染、炎症和异常的盆底神经肌肉活动等共同作用导致。

第一，病原体感染。虽然患者常规细菌培养未能分离出病原体，但可能与厌氧菌细菌变异等有关，如沙眼衣原体、支原体、寄生虫、真菌，骶丛结核分支杆菌等等，也可能是该病的重要致病因素。第二，生活习惯因素。不良的生活习惯、经常吃辣椒等刺激性食物、酗酒、频繁的性生活、长期久坐或者长时间开车、骑自行车等，导致前列腺反复充血，从而导致无菌性前列腺炎。第三，排尿功能失调。某些因素引起尿道括约肌频繁过度收缩，导致膀胱出口梗阻与残余尿形成，造成尿液反流入前列腺，这样不仅将病原体带入前列腺，还可持续刺激前列腺诱发无菌性的前列腺炎。第四，精神心理因素。消极的情绪可引起植物神经紊乱，造成后尿道神经肌肉功能失调，导致骨盆区域的疼痛以及排尿功能的失调。第五，盆腔相关致病因素。部分前列腺炎患者常伴有前列腺外周带静脉丛扩张、痔、精索静脉曲张等或者存在久坐、不适当的性生活而引起的慢性盆腔充血，提示部分慢性前列腺炎患者的症状可能与盆腔静脉的充血相关，这可能是造成久治不愈的原因之一。第六，免疫反应异常。也有学者认为无菌性的前列腺炎是一种过敏性的炎症反应或自身免疫反应性疾病。第七，氧化应激学说。前列腺内部氧自由基产生和清除动态平衡被打破，机体抗氧化应激反应的能力减低，氧化应激产物增加，导致神经末梢敏感性增加。