肾结石病因比较复杂，大体可归纳为个体因素和环境因素两个大方面。个体因素包括代谢异常和尿路局部因素；而环境因素则包括气候，饮食和药物这三个因素。总的来说，尿路结石的形成机制比较复杂，目前还没有完全明了。目前认为结石的病因是由多种因素共同作用所引起的疾病，我们下面分别详细地讲。
首先是代谢异常，对于草酸钙结石来讲，代谢异常主要是有四种因素，包括尿钙升高，我们叫做高钙尿症；尿里面的草酸水平高，我们叫高草酸尿症；还有尿里面的尿酸水平很高，我们叫高尿酸尿症；还有尿里面的枸橼酸水平很低。这四种因素就容易导致草酸钙结石的形成。
对于尿酸结石的形成，病因比较简单，就是由于嘌呤代谢异常导致尿酸的水平升高而形成的。
而胱氨酸结石的形成，主要是由于尿里面的胱氨酸水平升高，这跟我们染色体异常有关。
磷酸钙结石的形成比较复杂，包括肾小管酸中毒、海绵肾等等，都可以导致磷酸钙结石的形成。
第二个因素是尿路的局部因素，比如说尿路感染：一些肾脏的结构异常，比如说异位肾、多囊肾、马蹄肾等，由于反复感染、尿流不畅就会导致肾结石的发生。
这些感染导致结石形成的原因包括两个方面，首先是菌落、坏死组织等可形成结石的核心；另外一个方面，由于某些细菌，比如说变形杆菌能将尿素分解成氨,尿液呈碱性,促进磷酸盐沉淀，这种结石形成很快。
第二个是尿路梗阻，我们知道一旦尿路梗阻，尿液里面的成石成分就会逐渐过饱和，容易沉积下来，形成结石。另外一方面，微小的结石也不容易排出来，这样的话，积在体内就会导致结石的形成。
第三个是尿路里面有异物存在，比如说导尿管，放尿管放的时间太长了；还有手术缝线不吸收的；还有有些病人往尿道里面塞有异物，这些都会导致结石形成的重要因素。
第三是气候因素，比如气候炎热、出汗多，尿液浓缩，尿液晶体物质过饱和容易长结石。另外，由于日照长，维生素D3增加，也促进了肠道对钙的吸收，这些也是结石形成的因素。
第四就是饮食因素，我们知道，如果喝水不多、高蛋白饮食、钙摄入过多或不足、还有钠摄入过多、镁摄入不足、维生素A或维生素B6摄入不足、营养不良等，都可以导致结石的形成。
第五个因素就是药物因素，如果一些药物我们不当地使用，就会导致结石的形成，包括糖皮质激素、维生素C、
