鱼鳞病的发病原因是基因突变所致。

寻常型鱼鳞病是由于丝聚蛋白基因(FLG)突变。轻者多为丝聚蛋白基因杂合突变，严重者多为丝聚蛋白基因纯合突变。

X性联鱼鳞病位于染色体Xp22.3的类固醇硫酸酯酶（STS）基因发生缺失或突变所致。

板层状鱼鳞病和先天性鱼鳞病样红皮病，两者在遗传学有重叠，是基因发生突变所致，突变基因包括谷氨酰胺转移酶-l(TGMl)、脂肪氧化酶-3（ALOXE3）、12-R脂肪氧化酶(ALOXl2B)、NIPAL4、ABCA12和CYP4F22。

大疱性鱼鳞病样红皮病是由编码角蛋白1基因（KRT1）和角蛋白10(KRT10)的基因突变导致。