细菌是感染性毛囊炎的主要致病菌，但有时病毒或真菌也会造成毛囊炎。

大多数感染性毛囊炎是由金黄色葡萄球菌 感染所引起的。极少数毛囊炎是由铜绿假单胞菌、克雷伯菌、肠道菌、变型菌、真菌等细菌引起。 

在刮胡子、穿紧身衣服、皮肤损伤以及痤疮和皮炎存在时，毛囊会被破坏，很容易感染出现毛囊炎。

一般剃毛或拔毛，长时间不适当地应用抗生素、激素、免疫抑制剂、塑料紧裹皮肤都可以促使毛囊炎的发生。

真菌性毛囊炎多发生在免疫力低下的人群，此类人群患病率比较高。

如果人体长时间待在游泳池、热水盆中，也会容易引起假单胞菌性毛囊炎。