关于新农合与单位医保重复缴费的退费问题，根据相关政策和操作流程，可分为以下情况处理：

一、重复缴费的退费情形

1. 城乡重复参保

   若同时参加城乡居民医保（新农合）和城镇职工医保，需选择保留其中一种保险，可申请退还另一种的重复缴费部分。建议优先保留城镇职工医保，因其报销比例和范围更广。

2. 缴费错误（如系统故障）

   因网络问题或系统故障导致的重复扣费，可提供银行流水等证明材料申请退费。

二、其他特殊情况的处理

1. 参保人员去世

   若缴费后去世，家属可凭死亡证明、医疗本等材料申请退费，部分地区还能申领丧葬补贴。

2. 符合免缴政策的人群

   如五保户、特困户等，因政策优惠误缴的费用可申请退还。

3. 缴费期间去世

   在医保生效后缴费但未生效前去世，费用可申请退保。

三、退费操作流程

1. 核实缴费情况

   通过社保账户查询或咨询当地社保部门，确认重复缴费金额及时间。

2. 准备证明材料

   需提供身份证、医保卡、缴费凭证、死亡证明（如适用）等材料。

3. 提交申请

   向当地社保部门或医疗保障机构提交书面申请，说明退费原因及金额。

4. 审核与处理

   社保部门审核通过后，将退还重复缴费金额。

四、注意事项

• 时间限制 ：部分情况下需在缴费后2年内申请退费。

• 地区差异 ：具体退费比例和补贴政策可能因地区而异，建议提前咨询当地社保部门。

若未及时处理重复缴费，可能影响个人医保待遇，建议尽快通过正规渠道申请退费。