新生儿医保和农村合作医疗是两种不同的医疗保障制度，主要区别在于投保对象、管理部门及报销比例。新生儿医保针对城镇户籍居民，由人社部门管理，报销范围更广；农村合作医疗则面向农村户籍居民，由卫生部门管理，覆盖人群更广泛但报销比例相对较低。

1. 投保对象不同

新生儿医保属于城镇居民医保范畴，仅限城镇户籍的新生儿参保，需在户籍所在地办理。农村合作医疗（新农合）的参保对象为农村户籍居民，包括新生儿和成年人，覆盖范围更广。

2. 管理部门与参保流程

新生儿医保由人社部门统筹管理，需完成户籍登记后办理参保缴费。农村合作医疗由卫生部门主导，通常通过村委会或乡镇合医办统一组织参保，报销时需提供医疗费用明细等材料。

3. 报销范围与比例差异

新生儿医保的报销比例普遍高于农村合作医疗，尤其在市级以上医院差距更明显。例如，新生儿医保在市级医院报销比例可达65%-82%，而新农合起付线较高，报销比例略低。新生儿医保的药品和诊疗项目覆盖更全面。

4. 城乡制度合并趋势

部分地区已整合城镇居民医保和新农合，统一为“城乡居民医保”，新生儿参保不再区分城乡户籍，但具体政策需以当地规定为准。

提示：家长在为新生儿选择医保时，需结合户籍类型、居住地及医疗需求，优先咨询当地社保部门，确保享受最优保障。