在吉林延边，社保基数5000元时，扣除个人所得税的具体金额需根据实际收入计算，若月收入刚好为5000元且无其他附加收入，通常无需缴税（起征点为5000元）；若超过5000元，则超出部分按3%-45%累进税率计算，并需考虑社保缴费（约800-1100元）对应纳税所得额的影响。

1. 起征点与税率
   个人所得税起征点为5000元，超出部分按累进税率计算。例如，月收入6000元时，应纳税所得额为1000元（6000-5000），适用3%税率，需缴税30元，再减去社保个人缴纳部分（如养老8%、医疗2%等）。

2. 社保缴费影响
   社保基数5000元时，个人需缴纳养老（8%）、医疗（2%）、失业（0.3%）等，合计约10.3%-12%（因地略有差异），即515-600元。这部分费用可从应纳税所得额中扣除，降低税基。

3. 实际计算示例
   若月收入5500元，社保个人缴纳550元：

   • 应纳税所得额 = 5500 - 5000（起征点） - 550（社保） = -50元（无需缴税）。
     若月收入7000元，社保缴纳700元：
   • 应纳税所得额 = 7000 - 5000 - 700 = 1300元，按3%税率缴税39元。

总结：延边地区社保基数5000元时，扣税金额与收入、社保缴费比例直接相关，合理利用专项扣除可有效减少税负。建议通过个税计算器或咨询单位财务获取精准数据。