社保扣费和医保扣费在多个方面存在差异，具体分析如下：

一、缴费范围与性质

1. 社保

   包含五大险种：养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，属于广义的社会保障体系。

2. 医保

   仅指医疗保险，是社保体系中的重要组成部分，用于支付医疗费用。

二、缴费主体与比例

1. 社保

   • 单位缴费 ：通常为工资总额的20-30%；

   • 个人缴费 ：养老保险8%-12%，医疗保险2%-2.5%（不同地区有差异）；

   • 政府补贴 ：部分险种（如养老）由政府提供补贴。

2. 医保

   • 单位缴费 ：通常为工资总额的6%-10%；

   • 个人缴费 ：约2%-2.5%。

三、扣费时间与方式

1. 扣费时间

   • 社保：部分地区按月扣款，部分地区按季度扣款；

   • 医保：通常与社保分开扣款，可能滞后于社保缴费（如年初或年末统一扣）。

2. 扣款方式

   • 社保：由单位统一代扣；

   • 医保：灵活就业人员需分别向社保和医保部门申报缴费。

四、缴费金额差异

社保总缴费额（含医保）通常高于医保单独缴费额，具体差异因地区经济水平和政策调整而变化。

五、特殊情况处理

若出现社保扣费正常但医保未扣的情况，可能是由于：

• 系统延迟或操作差异（尤其灵活就业人员需注意缴费平台）；

• 征缴职能划归调整导致的阶段性问题。

建议通过社保官网或当地社保部门查询缴费明细，若发现异常可及时咨询相关部门。