在内蒙古赤峰，社保基数为16400元时，个人所得税的扣税金额主要取决于具体的税率和扣除项。根据现行的税率表和社保政策，税前收入16400元在扣除社保费用和免税额度后，适用10%的税率，速算扣除数为2520元，最终需缴纳的税款约为 1028元。

1. 1.社保费用扣除：社保基数16400元首先需要扣除个人应缴纳的社保费用。社保费用通常包括养老保险、医疗保险、失业保险等，不同地区的比例可能有所不同。以赤峰为例，假设社保总比例为10%，则需扣除1640元。
2. 2.应纳税所得额计算：在扣除社保费用后，剩余的应纳税所得额为14760元（16400元-1640元）。根据中国的个人所得税法，每月有5000元的免税额度，因此应纳税所得额进一步减少为9760元（14760元-5000元）。
3. 3.税率和速算扣除数：根据现行的个人所得税税率表，9760元的应纳税所得额适用10%的税率，速算扣除数为2520元。计算公式为：应纳税额=应纳税所得额×税率-速算扣除数。9760元×10%-2520元=1028元。
4. 4.其他扣除项：除了社保费用和免税额度外，还可能有其他扣除项，如住房公积金、专项附加扣除等。如果有这些扣除项，应纳税所得额会进一步减少，从而影响最终的税款。例如，如果每月有2000元的住房公积金和1000元的专项附加扣除，应纳税所得额将变为6760元（14760元-5000元-2000元-1000元），税款约为424元（6760元×10%-2520元）。
5. 5.综合以上因素，在内蒙古赤峰，社保基数为16400元时，扣除社保费用和免税额度后的应纳税所得额为9760元，适用10%的税率，速算扣除数为2520元，最终需缴纳的税款约为1028元。如果有其他扣除项，税款会相应减少。了解这些细节有助于更好地规划个人财务，确保合理纳税。