办理特殊病种疾病证明的流程和注意事项如下：
1. 确认病种是否符合特殊病种范围
需确认所患疾病是否属于当地医保政策中规定的特殊病种范围。例如，北京市的特殊病种包括恶性肿瘤门诊治疗、肾透析、器官移植术后抗排异治疗等。
2. 准备申请材料
根据要求准备相关材料，包括：
- 诊断证明：由二级及以上医院出具，需明确疾病名称及诊断依据。
- 检查检验报告：如影像资料、化验单等。
- 住院病历：包括出院小结、手术记录等。
- 其他材料：如《特殊病种备案申报表》，可在医保经办机构领取或线上下载。
3. 办理流程
（1）本地就医
- 到选定的定点医疗机构领取并填写《特殊病种备案申报表》。
- 由主治医师签字确认后，递交至医院医保办公室办理备案。
- 医保机构审核通过后，出具《特殊病种备案单》，参保人留存一份。
（2）异地就医
- 异地安置或长期驻外人员需提供异地定点医疗机构出具的诊断证明。
- 持相关材料到参保地医保经办机构办理备案。
4. 注意事项
- 备案有效期：自办理之日起生效，需在有效期内使用，若需变更或终止备案，应及时到医保机构办理手续。
- 年审要求：部分地区（如贵阳市）对部分特殊病种实行年审制度，需定期提交相关材料。
- 政策差异：各地政策可能存在差异，建议提前咨询当地医保部门，了解具体要求。
5. 总结
办理特殊病种疾病证明需确认病种范围、准备齐全材料，并按照规定流程到医保机构办理备案。注意年审和备案有效期等细节，以确保顺利享受相关医保待遇。如需进一步了解，可咨询当地医保部门或访问相关政府网站。
