根据您描述的情况，医保单位已缴费但查询记录不完整，可能由以下原因导致：

一、系统延迟或网络问题

1. 缴费信息传输延迟

   医保缴费后，系统可能存在延迟，导致缴费记录未能及时更新。建议等待1-2个工作日后再尝试查询。

2. 系统维护或网络故障

   若当地社保系统正在进行维护或存在网络问题，可能导致记录查询失败。可联系当地社保机构核实系统状态。

二、账户状态异常

1. 社保卡未激活

   若使用社保卡查询，需确保社保卡已激活。未激活的社保卡无法显示缴费记录，需携带身份证件到社保机构办理激活手续。

2. 参保信息不匹配

   • 城乡居民医保或自由职业者无个人账户，无法查询缴费记录；

   • 职工医保若注册姓名与医保局记录不符，需联系医保局核查并更正。

三、其他特殊情况

1. 缴费周期问题

   部分地区首次参保需连续参保满3个月才能享受待遇，但缴费记录可能滞后于待遇享受时间。

2. 地区政策差异

   不同地区医保系统存在差异，部分地区的查询时间可能较长。建议通过当地社保官网或柜台确认查询规则。

建议处理步骤

1. 等待并重试 ：优先考虑系统延迟，1-2天后再次查询；

2. 检查账户状态 ：确认社保卡激活状态，必要时联系激活；

3. 核对参保信息 ：检查姓名、缴费类型等是否与医保局记录一致；

4. 咨询当地社保机构 ：若以上方法无效，建议通过官方渠道（如社保局官网、柜台）查询或投诉。

若问题仍未解决，可提供具体地区或更多细节进一步分析。