根据深圳及全国的相关政策规定，灵活就业人员医保只能选择一档，主要原因如下：

一、政策统一性限制

1. 全国统一政策框架

   我国目前对灵活就业人员医保实行统一政策，未设置多档可选。这一政策自2022年10月起全国统一执行，缴费基数下限为3450元，月应缴医保费317.5元。

2. 深圳本地执行标准

   深圳作为一线城市，灵活就业人员医保政策遵循全国统一框架，同样只能选择一档，且缴费基数上限为32376元，下限为6475元。

二、缴费能力与待遇平衡

1. 缴费比例差异

   • 一档：单位6.2%、个人2%，总缴费368元/月

   • 二档及以上：单位0.6%-0.8%、个人0.2%-0.45%，总缴费59.8-8348元/月

   若允许选择多档，可能引发缴费能力较弱群体过度参保高档次，增加财政负担。

2. 待遇均衡设计

   一档医保已覆盖基本医疗保障需求，二档及以上主要提供更高报销比例和门诊待遇。统一一档可避免“富者多缴、贫者少得”的现象，确保医保基金整体可持续性。

三、其他相关因素

1. 税收政策关联

   灵活就业人员以年度为单位缴纳个税，政策上未对医保档次选择与纳税方式挂钩。若收入多元化，可通过调整收入来源申报纳税策略，而非选择更高医保档次。

2. 历史政策差异

   早期政策曾设置多档（如2020年佛山分四档），但自2022年改革后已逐步合并为统一档次，深圳延续了这一调整。

总结

灵活就业医保只能交一档是政策统一性与缴费能力平衡的结果。若需提高医疗保障水平，建议通过提高缴费基数（在政策范围内）或补充商业保险等方式实现。