新农合异地就医住院报销比例根据医疗机构级别和地区政策有所不同，具体如下：

一、按医疗机构级别划分

1. 乡镇卫生院

   • 报销比例：90%

   • 起付线：100元。

2. 县级定点医院

   • 报销比例：82%

   • 起付线：200元。

3. 市级定点医院

   • 报销比例：65%

   • 起付线：500元。

4. 省级定点医院

   • 报销比例：55%

   • 起付线：700元。

5. 省外非定点医院

   • 报销比例：45%

   • 起付线：1000元。

二、其他注意事项

1. 转诊备案要求

   • 需提前办理转诊备案手续，携带身份证、照片及新农合医疗证。

2. 特殊群体政策

   • 60岁以上老年人住院治疗费及护理费每天可报销10元，限额200元；

   • 儿童先心病等8种大病、肺癌等12种大病可享70%补助。

3. 报销流程

   • 出院后持相关材料（如医疗费用发票、诊断证明等）到参保地医保机构申请报销。

三、补充说明

• 若在县级以下医疗机构就医，起付线可能更低（如乡镇卫生院100元、县级200元），但报销比例相对较高；

• 省外就医需特别注意转诊流程，未转诊可能降低10%报销比例。

以上比例及起付线以参保地最新政策为准，建议办理异地就医前咨询当地医保部门。