杭州特殊病种医保申请流程如下：

1. 确定病种范围

根据浙江省医疗保障局的规定，目前杭州市和省级医保有以下11类疾病纳入特殊病种范围：

• 恶性肿瘤
• 系统性红斑狼疮
• 血友病
• 再生障碍性贫血
• 慢性肾功能衰竭透析
• 情感性精神病
• 精神分裂症
• 器官移植后抗排异治疗
• 艾滋病
• 耐药性肺结核
• 儿童孤独症

2. 准备申请材料

根据不同的疾病类型，需要准备的申请材料可能有所不同。一般需要准备的材料包括：

• 《杭州市基本医疗保险规定病种门诊治疗建议书》
• 病历和有关检查、化验报告等资料
• 一寸近照1张
• 身份证或社会保障卡

3. 选择申请方式

杭州特殊病种医保申请可以通过以下几种方式进行：

• 线下申请：

  1. 定点医疗机构：在定点医疗机构的医保办领取特殊病种申请表，并请主治医生填写申请表并签字确认，再由科室主任签字后交至医院医保办盖章。
  2. 医保经办机构：携带申请材料前往医保经办机构进行登记，并领取《杭州市基本医疗保险规定病种专用门诊病历》。

• 线上申请：

  1. 浙里办平台：登录浙里办平台，选择医保服务-特殊病种管理，填写并提交申请信息，等待审核。

4. 等待审核确认

提交申请后，医保中心会对申请材料进行审核。审核通过后，会发放《门诊大病医疗证》或《杭州市基本医疗保险规定病种专用门诊病历》，并根据审核通过的日期确定其门诊大病医疗年度起始时间，以及确定其门诊大病就诊的定点医院。

5. 选择定点医疗机构

根据医保政策，特殊病种患者需要选择一家定点医疗机构作为特殊病定点医疗机构。在这家医疗机构发生的特殊病费用可以按照住院统筹比例进行报销。

6. 享受医保待遇

备案成功后，在一个结算年度内，参保人员发生的该特殊疾病门诊医疗费按住院医疗费结算，且不设住院起付标准。

总结

以上就是杭州特殊病种医保申请的一般流程，具体操作时可能会根据不同的疾病类型和医保政策有所调整。建议在申请前咨询当地医保中心或定点医疗机构，以获取最新的申请要求和流程。