农村合作医疗（新农合）与职工医保的报销比例存在显著差异，具体如下：

一、报销比例对比

1. 新农合

   • 住院报销比例 ：根据医疗机构等级不同，报销比例分为三级阶梯

     • 三级医院：20%

     • 二级医院：40%

     • 一级/乡镇卫生院：60%

   • 门诊报销比例 ：在基层医疗机构（村卫生室/乡镇卫生院）为50%-70%，二级及以上医院为30%-50%

   • 特殊病种/大病补偿 ：部分疾病（如癌症、尿毒症）可额外获得60%-80%的补偿

2. 职工医保

   • 住院报销比例 ：因地区及医院级别差异较大，但整体比例较高，通常为70%-90%

     • 例如：北京三级医院可达90%报销比例

   • 门诊报销比例 ：部分地区（如北京）为50%-70%，部分特殊门诊可能更高

   • 起付线与封顶线 ：设有较高的起付金额，年度报销额度有限制

二、其他关键差异

1. 参保对象与缴费标准

   • 新农合：主要覆盖农村居民，缴费标准较低且存在地区差异

   • 职工医保：覆盖城镇职工及灵活就业人员，缴费由单位和个人共同承担，标准较高

2. 异地报销政策

   • 新农合：异地就医报销比例通常为30%-40%，且需先备案

   • 职工医保：异地就医报销比例较高（如70%-80%），但需通过异地就医备案流程

3. 待遇稳定性与保障范围

   • 职工医保：报销比例相对固定，且覆盖门诊、住院及部分特殊病种

   • 新农合：报销比例可能因政策调整，且对大额医疗费用的补偿有限

三、总结建议

• 优先选择职工医保 ：若单位参保，职工医保的报销比例和保障范围更优

• 合理利用政策 ：新农合适合经济条件较差的群体，建议通过门诊统筹和大病保险降低医疗负担

• 关注地区差异 ：具体报销比例可能因政策调整，建议咨询当地医保部门

以上信息综合了2023-2025年最新政策，实际报销可能因地区细则略有不同。