新农合异地就医的医保报销比例根据就医地点和级别有所不同，乡镇卫生院起付线为100元，报销比例高达90%，而省外非定点医院就医的起付线则提高到1000元，报销比例降至45%。 这意味着参保人员在选择医疗机构时，越接近基层医疗机构，其自费部分就越少，而在跨省或选择非定点医疗机构时，个人承担的费用会相应增加。

不同级别的医疗机构有不同的起付线和报销比例。对于乡镇卫生院，起付线设定为100元，超过起付线的部分可以按照90%的比例报销；县级定点医院的起付线是200元，报销比例为82%。这表明，在基层医疗机构就诊可以获得更高的报销比例，有助于减轻患者的经济负担。

市级定点医院的起付线设定为500元，报销比例为65%，而省级定点医院的起付线进一步提升至700元，报销比例为55%。随着医疗等级的升高，报销比例逐渐降低，这是因为高级别医院通常提供更为复杂和昂贵的医疗服务。

如果是在省外非定点医院就医，则需要支付更高的起付线1000元，且报销比例仅为45%。这种情况反映了政策鼓励患者优先选择本地定点医疗机构进行治疗，以减少不必要的高额开支。

值得注意的是，为了享受更好的报销待遇，参保人应在异地就医前完成备案手续。未办理备案的参保人在报销时可能会面临报销比例降低的风险，有时甚至可能需要自行垫付全部费用后回到参保地申请报销。提前做好相关准备是非常重要的。

总结来说，新农合异地就医的报销比例受到多种因素的影响，包括就医地点、医院级别以及是否完成了必要的备案程序等。了解这些规定可以帮助参保人员更好地规划自己的医疗支出，确保在生病时能够得到及时有效的治疗而不至于因高昂的医疗费用而陷入困境。这也提示了广大参保人员，在计划外出就医之前，务必详细了解相关政策，并尽可能选择符合条件的定点医疗机构进行治疗，以便最大限度地利用医疗保险带来的福利。