合作医疗与单位缴纳的医保（职工医保）在多个方面存在显著差异，具体区别如下：

一、覆盖对象

1. 合作医疗

   仅覆盖农村户籍居民，需以家庭为单位整户参加。

2. 单位缴纳的医保（职工医保）

   覆盖城镇所有用人单位职工及灵活就业人员，包括企业、机关、事业单位等。

二、缴费方式与主体

1. 合作医疗

   • 缴费主体 ：农民个人自愿参加，无强制性。

   • 缴费标准 ：每年几百元，由农户自行缴费。

2. 职工医保

   • 缴费主体 ：用人单位与职工共同承担，单位缴费比例通常为8%-12%，职工个人缴费约2%-4%。

三、保障待遇与报销比例

1. 合作医疗

   • 报销范围 ：主要覆盖住院费用，部分城市扩展至门诊和药店购药。

   • 报销比例 ：乡镇医院约70%-90%，三甲医院约50%-70%。

   • 年度限额 ：部分地方年报销上限约20万元。

2. 职工医保

   • 报销范围 ：包括门诊、住院、药店购药等。

   • 报销比例 ：门诊门诊包干约90%，住院费用报销比例高达95%。

   • 终身保障 ：累计缴费满25年后可享受终身待遇。

四、其他核心差异

1. 保险期限

   • 合作医疗：每年缴费一次，断缴则失效。

   • 职工医保：累计缴费满15年可终身享受。

2. 个人账户

   • 职工医保：设有个人账户，每月划入一定金额，可用于门诊和药店购药。

   • 合作医疗：无个人账户。

3. 政策定位

   • 合作医疗：强调互助共济，覆盖基础医疗保障。

   • 职工医保：由政府主导，覆盖更全面的医疗保障体系。

总结

合作医疗与职工医保在覆盖范围、缴费方式、保障待遇等方面存在根本差异。新型农村合作医疗（新农合）与职工医保也存在类似差异，两者不可叠加享受。建议根据户籍类型和就业情况选择合适的医保类型，避免重复参保。