关于医保缴费400元但到账仅100元的情况，可能由以下原因导致：

一、缴费比例与账户分配问题

1. 个人账户仅占2%

   若按个人缴纳2%的比例计算，400元中仅20元会进入个人账户，其余380元进入统筹基金。

2. 灵活就业人员政策限制

   部分地区的灵活就业人员医保仅返还缴费基数的2%，若缴费基数较高，实际到账金额可能较低。

二、系统或操作问题

1. 缴费记录错误

   缴费系统可能出现录入错误，导致到账金额与缴费金额不符。

2. 系统漏洞或故障

   少数情况下，医保系统可能存在临时性漏洞或故障，需联系当地社保中心处理。

三、其他可能原因

1. 重复缴费或退保后重新缴费

   若存在重复缴费或退保后未及时重新缴费的情况，可能导致金额退回。

2. 地区政策调整

   部分地区医保政策调整后，个人账户返还金额可能降低，需关注最新政策文件。

建议处理方式

1. 核对缴费信息

   通过社保APP或线下渠道核对缴费记录，确认是否存在错误。

2. 联系社保部门

   若金额退回后再次出现异常，建议联系当地社保中心或税务部门咨询。

3. 关注政策变化

   了解当地医保政策调整情况，特别是个人账户比例和报销范围的变化。

（注：以上分析综合了医保政策、系统操作及实际案例，具体原因需结合实际情况判断。）