根据公开信息，巴彦淖尔市直部门主要包括以下几类：

一、主要行政管理部门

1. 市生态环境局

   直属单位包括市生态环境科学研究所、市生态环境综合行政执法支队、市生态环境事业发展中心等。

2. 市财政局

   作为市人民政府组成部门，下辖办公室、综合科、预算科等21个职能科室，以及市财政国库集中收付中心等7个直属事业单位。

3. 市人民政府办公室

   负责市政府日常事务，2025年度预算已公开。

二、其他重要部门

• 市医疗保障局

• 市审计厅

• 市政务服务局

• 市规划和自然资源局 （原国土局）

• 市住房城乡建设局

• 市交通运输局

• 市水利厅

• 市农业农村局 （原农林牧局）

• 市商务局

• 市文化和旅游厅

• 市卫生健康委员会

• 市应急管理厅

三、直属事业单位

1. 市财政国库集中收付中心 （准处级）

2. 市生态环境科学研究所

3. 市生态环境综合行政执法支队

4. 市生态环境事业发展中心

5. 市住房公积金管理中心

6. 市城市管理综合执法局

7. 市公共资源交易中心

四、特殊机构

• 市地方志研究室 （预算公开单位）

• 市地震局

• 市人防办

• 市老龄委

五、其他说明

• 部分信息来源提到“市直事业单位”时未明确级别，需结合具体部门职能判断。

• 2024年权责清单涉及54个部门和单位，具体事项可通过市政府门户网站查询。

以上信息综合了政府公开文件及部门职能描述，部分单位可能存在职能调整情况，建议通过官方渠道进一步核实。