关于住院自费部分合作医疗的报销流程和注意事项，综合权威信息整理如下：
一、报销前提条件
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参保状态 ：需为合作医疗参保人员，且医保需处于正常缴费状态。
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医疗机构资质 ：需在参保地认可的定点医疗机构就医，异地就医需提前办理转诊手续。
二、报销流程
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本地就医报销
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住院时出示身份证、社保卡，费用直接由医保系统结算，个人自付部分由医院垫付。
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若忘记携带社保卡，需先行垫付费用并保留所有单据，出院后携带单据到医保部门报销。
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异地就医报销
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需提前向参保地医保部门办理跨省就医备案，获取转诊证明。
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住院时出示转诊证明、身份证，在异地定点医院直接刷卡结算，费用由医保和患者按比例分担。
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三、报销比例与限额
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报销比例 ：根据医疗机构级别和费用范围不同：
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乡（镇）卫生院：300元以下30%、2000元以下70%、2000元以上50%。
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县级定点医疗机构：500元以下25%、10000元以下65%、10000元以上50%。
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二级医院：500元以下25%、10000元以上50%。
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三级医院：1000元以下20%、10000元以上50%。
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报销限额 ：每年各医疗机构有最高报销限额，超过部分需自费。
四、所需材料
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基础材料 ：身份证、社保卡、住院发票、出院小结、诊断证明。
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特殊情况 ：异地就医需额外提供转诊证明；大病报销需提供特殊病种相关检查报告。
五、报销时间
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本地就医：出院后1-3个月内提交材料报销。
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异地就医：出院后30日内提交材料报销。
六、注意事项
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费用垫付 ：未携带社保卡时需垫付，建议提前确认参保地报销政策。
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商业医保衔接 ：若同时购买商业医疗保险，需通过医保结算中心开具发票分割单，再向保险公司申请二次报销。
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地区差异 ：具体报销比例和流程可能因地区政策不同存在差异，建议提前咨询当地医保部门。
通过以上步骤和注意事项，可确保住院自费部分合作医疗的报销顺利进行。
