合作医疗是否能在不同县报销，需根据具体情况判断，主要分为以下情况：

一、跨县（市、区）报销的可行性

1. 政策支持异地就医结算

   根据《中华人民共和国社会保险法》第二十九条规定，参保人员异地就医时，基本医疗保险基金支付部分由社会保险经办机构与医疗机构直接结算，具体比例和范围由各地政策规定。

2. 报销范围与比例差异

   • 住院费用 ：大部分地区可报销50%-80%的费用，具体比例因地区而异（如县级约45%）。

   • 门诊费用 ：通常可报销20%-60%，部分地区将门诊纳入统筹范围。

   • 起付线标准 ：各省设定不同起付线，例如2000元左右。

3. 办理流程

   需提前向参保地医保机构申请异地就医备案，通过后持身份证、医保卡、医疗费用发票等材料在异地定点医疗机构结算。

二、特殊注意事项

1. 转院与急诊报销

   • 转院需提供转院证明，部分地区要求住院后3日内登记备案。

   • 急诊患者需符合当地规定（如3天登记）。

2. 自费比例差异

   部分地区对异地就医设5%-30%的自费门槛，超过部分才能报销。

3. 政策统一性问题

   目前全国农村合作医疗尚未实现完全联网，各地报销政策、比例及起付线存在差异，建议就医前通过医保部门或官方APP查询最新政策。

三、建议操作步骤

1. 确认备案状态 ：通过当地医保APP或官网确认异地就医备案是否成功。

2. 收集报销材料 ：包括身份证、医保卡、住院病历、费用清单、发票等。

3. 选择结算方式 ：优先选择直接结算，若无法直接结算，可回参保地二次报销。

若需进一步了解具体操作或政策细节，建议联系当地医保经办机构（如合管中心）咨询。