根据相关法律法规和搜索结果，住院期间医保被公司停缴的处理方式如下：

一、医保停缴的合法性问题

1. 单位停缴医保的违法性

   根据《中华人民共和国社会保险法》第二十三条，职工在病假期间享有医疗保险待遇，用人单位不得以任何理由停缴医保。若单位擅自停缴，可能面临行政处罚或法律诉讼。

2. 城乡居民医保的特殊性

   若参保者为城乡居民医保，单位停缴不影响其继续缴纳城镇职工医保，但两者不可同时享受，需选择其中一种。

二、处理步骤与维权途径

1. 收集证据

   • 医疗费用发票、住院病历等直接证据；

   • 社保停缴通知、工资条等间接证据。

2. 与公司协商

   • 要求恢复医保并补缴欠费，可书面申请说明情况；

   • 若公司拒绝，可要求支付医疗费用及因停保导致的医疗费用自费部分。

3. 投诉与仲裁

   • 向当地劳动保障部门投诉，提供证据材料；

   • 协商不成的，可向单位所在地劳动仲裁委员会申请仲裁。

4. 法律救济

   • 通过劳动仲裁或诉讼要求单位补缴社保并赔偿损失；

   • 若涉及医疗费用，可要求单位承担未报销部分。

三、注意事项

• 医保断缴影响 ：停缴期间无法享受医保报销，自停缴次月开始失效；

• 个人参保选择 ：若不愿或无法继续单位缴费，可转为个人参保（仅限养老和医保），但需承担全部费用；

• 时效性原则 ：建议在发现停缴后30日内采取行动，避免超过仲裁时效。

四、补充说明

• 医院停缴医保 ：若涉及医疗机构违规操作（如“医保取现”），需通过医保部门调查处理。

以上建议综合了劳动权益保护与医保政策规定，具体操作中建议咨询专业律师以确保权益。