根据我国社会保险政策，职工医保与新型农村合作医疗（新农合）是两种不同的医疗保障制度，存在以下核心差异，导致参保时需选择其中一种：
一、制度性质与覆盖范围
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职工医保
属于 社会保险 ，由用人单位和职工共同缴纳，覆盖城镇职工及灵活就业人员，保障范围包括门诊、住院、重大疾病等。
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新农合
属于 政策性医疗保险 ，由农村居民自愿缴纳，主要覆盖农村地区，保障范围相对基础，通常每年缴费一次且无个人账户。
二、参保原则与待遇冲突
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参保排他性 ：我国法律规定， 同一人不能同时享受职工医保和新农合的报销待遇 。若同时参保，将导致重复报销，医保基金将无法合理分配。
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报销标准差异 ：职工医保的报销比例和起付线通常高于新农合，且对门诊、住院等保障更全面。
三、实际操作建议
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单位职工
若单位已为其缴纳职工医保，则个人无需再缴纳新农合，职工医保将自动生效。
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灵活就业人员
若以灵活就业身份参加职工医保，则需停止缴纳新农合，但可保留参保资格。
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停保流程
可通过当地社保机构办理停保手续，部分地区支持线上办理。
四、法律依据
根据《中华人民共和国社会保险法》第二十六条规定，职工基本医疗保险与新型农村合作医疗的待遇标准执行国家规定，但两者不可同时享受。
总结 ：职工医保与新农合不可同时参保，需根据自身参保类型（单位职工/灵活就业）选择其中一种。若已参加职工医保，则必须停掉新农合，避免重复参保带来的保障冲突和费用浪费。
