根据我国现行医疗保障政策，单位缴纳的医疗保险与新型农村合作医疗（新农合）存在以下关系：

一、两者性质与参保人群差异

1. 性质相同

   城镇职工基本医疗保险（单位缴纳）与新型农村合作医疗（新农合）均属于社会医疗保险，但覆盖人群不同。

2. 参保人群互补

   城镇职工医保覆盖城镇职工及灵活就业人员，而新农合主要覆盖农村户籍人口。

二、重复参保的法律规定

1. 法律禁止重复参保

   根据《社会保险法》第二十三条规定，职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工共同缴纳。单位已缴纳职工医保后，个人无需再缴纳新农合。

2. 重复缴费无效

   若同时缴纳两种医保，将导致重复缴费，且医保基金不会重复报销。

三、实际操作中的注意事项

1. 单位缴费类型确认

   单位缴纳的医保类型需与户籍性质匹配：城镇职工应参加职工医保，农村户籍应参加新农合。

2. 特殊情况处理

   • 户籍迁出 ：若户籍迁出城镇且单位停止缴纳职工医保，可申请转移接续或参加新农合。

   • 政策差异 ：部分地区可能将新型农村社会养老保险（新农保）与医疗保险合并实施，需咨询当地政策。

四、建议方案

• 有单位参保 ：优先保留职工医保，停缴新农合。

• 无单位或户籍为农村 ：可咨询当地社保部门，了解是否需参加新型农村社会养老保险（新农保）。

单位已缴纳医疗保险后，个人无需再缴纳新农合，但需注意政策差异和特殊情况处理。