根据我国现行法律规定，员工即使已经参加了新农保，用人单位仍需依法为其缴纳社保。以下是具体分析：

一、社保的法定性

1. 用人单位的法定义务

   《社会保险法》明确规定，用人单位有义务为职工缴纳社会保险，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险（五险一金）。这一义务具有国家强制性，不因职工已参加其他保险（如新农保）而免除。

2. 新农保与社保的不可叠加性

   新农保是针对农村居民的医疗保障，属于社保体系中的“新农合”部分；而社保包含五险一金，两者在医疗保障方面存在政策定位差异，不能同时参保。但企业需同时履行缴纳社保和住房公积金的义务，两者不可相互替代。

二、特殊情况下的处理方式

1. 已参加新农保且进城务工

   若员工已参加新农保并进入城镇务工，根据《社会保险法》第九十五条规定，应停止缴纳新农保，但保留个人账户。此时企业需依法为员工缴纳城镇职工基本养老保险、医疗保险等。

2. 员工自主选择参保

   员工若主动放弃单位缴纳的社保，需与单位协商一致并签订书面协议。但此举存在较大风险：

   • 工伤等风险无法保障 ：若发生工伤、失业、生育等情形，企业无需承担赔偿责任；

   • 待遇缺失 ：无法享受社保提供的失业金、工伤赔偿、生育津贴等保障。

三、违规后果

若企业拒绝依法缴纳社保，可能面临以下处罚：

• 滞纳金与罚款 ：社保部门可责令限期缴纳或补足，并按日加收0.5‰滞纳金，逾期不缴可处欠缴金额1-3倍罚款；

• 法律诉讼 ：员工可向劳动仲裁或法院提起诉讼，要求企业承担社保缴纳责任。

四、建议

1. 员工层面 ：优先通过正规渠道了解自身参保权益，避免因信息不对称导致权益受损；

2. 企业层面 ：依法履行社保缴纳义务，避免因违规操作引发法律风险。

员工即使已参加新农保，企业仍需依法缴纳社保，二者不可替代。