农村合作医疗住院报销流程可分为以下步骤，综合多个权威信息源整理如下：

一、直接刷卡报销（适用于区内医疗机构）

1. 门诊/住院直接结算

   参保患者持医保卡在区内乡镇级普通门诊或定点医疗机构就医时，可直接刷卡完成门诊或住院费用报销，自付部分由患者支付。

二、窗口报销（适用于区外就医）

1. 材料准备

   • 住院相关材料：医疗费用原始发票、住院费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿及经办人身份证。

   • 特殊病种报销：需额外提供《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》。

   • 意外伤害报销：需提供意外伤害原因证明及医院病案记录。

2. 报销时效

   市外住院患者需在出院后3个月内办理报销手续，逾期可能影响报销。

3. 报销比例

   • 一般地区：起付线约2000元，报销比例约45%，医院级别越高报销比例越高。

   • 部分地区：若未办理转诊手续，报销比例可能降低或不予报销。

三、异地就医备案与转诊

1. 备案手续

   • 异地就医需提前向参保地医保部门办理备案，可通过电话或线下渠道办理。

   • 跨省就医需在住院前3日内电话咨询参保地医保，部分地区需办理转诊手续。

2. 转诊要求

   • 需由主治医师开具转诊证明，加盖医院公章。

   • 转诊证明需包含患者身份信息、转诊原因及转诊医院信息。

四、报销流程示例（以市外住院为例）

1. 住院期间垫付费用

   患者在市外二级及以上公立医院住院时，先自费垫付医疗费用。

2. 出院后提交材料

   出院后3个月内携带所有报销材料至参保地新农合窗口办理报销。

3. 审核与兑付

   • 新农合窗口审核材料真实性及费用合理性，填写补偿表并签署意见。

   • 完成报销后，患者或其代理人凭补偿表领取报销金额。

注意事项

• 若材料不齐全，需一次性补齐；

• 特殊病种需提前申请并审核通过；

• 异地报销比例可能低于本地报销，具体以参保地政策为准。

建议办理异地就医前，通过参保地医保部门或医院确认最新报销政策，避免遗漏材料或跑空。