关于合作医疗交错费用退款的问题，需根据具体情况选择处理方式，以下是具体步骤和注意事项：

一、医院内部处理流程

1. 联系医院结算部门

   及时与负责医疗费用的医院结算部门取得联系，提供交款证明、身份证、户口簿等必要材料，并详细说明交错原因。

2. 提交退款申请

   按医院规定填写退款申请表，附上相关证明材料，提交至财务或医保办部门。

3. 医院审核与处理

   医院审核材料后，若符合退费条件，将按流程办理退款。部分医院可能直接退回到原缴费账户，部分需通过银行转账。

二、医保部门处理流程（适用于单位参保人员）

1. 准备申请材料

   需提供身份证、户口簿、《居民社会医疗保险退费申请表》等材料。

2. 提交至社保机构

   将材料提交至当地社保局或医保经办机构，填写退费申请表并提交相关证明材料。

3. 审核与退费

   社保机构审核通过后，退费将直接退还到个人账户或以现金形式发放，通常需15个工作日内处理完毕。

三、其他注意事项

• 缴费时间限制 ：新型农村合作医疗按年度缴费，当年缴费后可享受次年待遇，但退费需在次年3月底前办理。

• 重复缴费处理 ：若因缴费错误导致重复缴费，需通过医保部门申诉流程办理退费，自行向医院退费可能无法成功。

• 特殊情况处理 ：若涉及离职、退休等特殊情况，需额外提供证明材料。

四、辅助维权途径

• 消费者权益保护 ：若医院拒绝合理退款，可向当地消费者协会投诉。

• 法律途径 ：保留沟通记录和证据，通过法律途径维权。

建议优先联系医院结算部门处理，若涉及医保退费则需通过社保机构申诉。不同地区具体流程可能有所差异，建议提前咨询当地医保或社保机构。