公司五险和农村合作医疗存在冲突，具体分析如下：

一、两者性质与覆盖范围冲突

1. 制度定位不同

   • 公司五险（含职工医疗保险）是城镇职工社会保障体系，覆盖城镇职工及其用人单位。

   • 农村合作医疗（新农合）是新型农村社会医疗保险，覆盖农村人口，由政府主导。

2. 参保对象互斥

   城镇职工与农村居民属于不同社会保障体系，法律上不允许同时参保。

二、医疗费用报销冲突

• 若同时参加两者，医疗费用将无法同时获得报销，只能选择其中一种保险报销。

• 例如：某职工同时缴纳五险一金并参加新农合，就医时只能选择职工医保报销，新农合的报销将被取消。

三、缴费与待遇差异

1. 缴费标准与待遇水平

   • 五险一金由单位和个人共同缴纳，待遇水平较高（如职工医保门诊报销比例通常高于新农合）。

   • 新农合个人缴费标准较低（每年100-1000元），且以大病统筹为主，门诊报销比例有限。

2. 缴费义务冲突

   若已参加职工医保，则无需再缴纳新农合费用。

四、建议方案

1. 注销新农合

   参加公司五险后，建议办理新农合注销手续，避免重复参保。

2. 保留新型农村养老保险

   若已参加新型农村养老保险，需停止职工医保才能享受新农合待遇。

总结

公司五险与农村合作医疗因覆盖范围、缴费主体及待遇标准不同，存在法律上的冲突，无法同时参保。建议根据自身户籍性质选择合适的医疗保障方式。