关于农村合作医疗重复缴费的处理，可参考以下步骤和注意事项：

一、确认重复缴费

1. 查询缴费记录

   通过当地农村合作医疗管理机构的线上平台或线下窗口，核对缴费记录，确认是否存在重复缴费记录。

2. 核实缴费时间

   确认重复缴费是否发生在同一缴费年度内，跨年度的缴费一般不会重复。

二、申请退费

1. 准备材料

   需提供身份证明（如身份证、户口本）、缴费凭证（收据、银行转账记录）、重复缴费证明等材料。

2. 提交申请

   • 线下办理 ：前往当地社保机构窗口提交材料并填写退费申请表。

   • 线上办理 ：通过当地社保局官网或“阜阳医疗保障”微信公众号提交申请（需注意退费截止日期）。

3. 审核与处理

   社保机构审核通过后，退费将原路返回至缴费账户，一般需15个工作日办理。

三、保留一份保险

1. 评估需求

   根据个人健康状况和经济状况，选择保留新农合或社保中覆盖范围更广、报销比例更高的险种。

2. 办理终止手续

   若保留其中一份，需向社保机构提交书面申请终止另一份保险，可能涉及保费退还。

四、特殊情况处理

• 系统或操作错误 ：若因系统故障或操作失误导致重复缴费，可联系当地社保部门核实后申请退费。

• 跨年度重复缴费 ：若重复缴费跨越不同年度，需结合政策规定判断是否可退。

五、注意事项

1. 时效性 ：退费申请需在政策规定的时间内提交，逾期可能影响处理。

2. 保留凭证 ：妥善保管缴费凭证、退费申请表等材料，以备后续查询。

3. 咨询当地政策 ：不同地区具体操作可能略有差异，建议提前咨询当地社保机构。

若通过上述方式无法解决，可拨打当地社保热线（如12366）进一步咨询。