根据相关政策和搜索结果，单位缴纳的社保与农村医保（新农合）的关系及缴费要求如下：

一、两者关系与缴费冲突

1. 社保包含医疗保险

   社保中的医疗保险与农村医保是两种不同的医疗保障体系，但两者在医疗费用报销上存在冲突。职工医保的报销比例通常高于新农合，因此不建议同时缴纳。

2. 缴费冲突处理原则

   • 单位缴纳职工医保时 ：无需再缴纳新农合，两者不可同时享受报销待遇。

   • 单位停止缴纳社保时 ：若员工继续在农村地区生活，可申请将职工医保转入新农合（即“高转低”），但需停掉职工医保。

二、具体操作建议

1. 单位正常缴费

   若单位继续为员工缴纳职工医保，则员工无需缴纳新农合，单位承担全部或部分医疗费用报销责任。

2. 单位停止缴费

   • 员工需携带原单位缴费凭证、身份证、户口本等材料，到户籍所在地乡镇社保所办理转入新农合手续。

   • 转入后次月即可享受新农合待遇，但报销比例低于职工医保。

三、特殊情况说明

• 灵活就业人员 ：若未通过单位参保，需自行缴纳职工医保或新农合，两者不可同时参保。

• 医保断缴影响 ：职工医保断缴超过1个月会导致待遇中断，需重新累计缴费年限；农村医保断缴则无直接影响但可能影响待遇。

四、法律依据与注意事项

• 法律保障 ：职工医保属于强制参保项目，但新农合为自愿参保。

• 家庭成员参保 ：若家庭成员已通过其他方式（如单位）参保，则无需重复缴纳。

单位停止缴纳社保后，员工是否需要缴纳农村医保取决于其就业状态和当地政策。建议优先选择职工医保以获得更全面的医疗保障。